Del total de los ciudadanos habilitados para sufragar, 104.371 son mujeres y 108.390 hombres quienes podrán ejercer su derecho al voto en 522 mesas distribuidas en 86 puestos de votación en todo el departamento.
Los puestos de votación estarán ubicados así: 60 en zona rural, 24 en cabecera municipal y dos en cárceles.
En Mocoa, un total de 35.245 ciudadanos están habilitados para sufragar en 87 mesas, ubicadas en 12 puestos de votación.
Las cédulas expedidas con posterioridad al 8 de enero de 2003 quedan habilitadas para votar en un puesto cercano a la dirección reportada al momento de hacer el trámite.
Las personas que están habilitadas para votar en Colombia deben sufragar en el lugar donde tienen inscrita su cédula. Como en este proceso electoral no hubo un periodo de inscripción de cédulas, este lugar es el mismo en donde tenían inscrito su documento en las elecciones de autoridades locales realizadas el 25 de octubre de 2015.
También podrán votar las personas a las que les haya sido expedida su cédula por primera vez hasta cuatro meses antes del certamen democrático (es decir, el 2 de junio de 2016). En este caso, podrán votar en el puesto de votación más cercano al lugar que reportaron al momento de solicitar su documento.
| Censo electoral en Putumayo para Plebiscito 2016 | |||||
| Municipio | Mujeres | Hombres | Total | Mesa | |
| Colon | 2.189 | 2.055 | 4.244 | 10 | |
| Mocoa | 18.505 | 16.740 | 35.245 | 87 | |
| Orito | 12.613 | 13.324 | 25.937 | 63 | |
| Puerto Asis | 20.584 | 21.158 | 41.742 | 102 | |
| Puerto Caicedo | 4.149 | 4.773 | 8.922 | 23 | |
| Puerto Guzmán | 4.525 | 6.036 | 10.561 | 29 | |
| Puerto Leguizamo | 6.552 | 7.884 | 14.436 | 36 | |
| San Francisco | 2.404 | 2.306 | 4.710 | 11 | |
| San Miguel | 5.602 | 6.177 | 11.779 | 28 | |
| Santiago | 3.127 | 2.802 | 5.929 | 14 | |
| Sibundoy | 5.446 | 4.863 | 10.309 | 24 | |
| Valle del Guamuez | 11.089 | 12.081 | 23.170 | 56 | |
| Villagarzón | 7.586 | 8.191 | 15.777 | 39 | |
| Total general | 104.371 | 108.390 | 212.761 | 522 | |
Fuente : NoticieroTVPutumayo.com